La reserva protege principalmente la laguna de Limoncocha, una de menor tamaño llamada Yanacocha, y los humedales, zonas de pantano y bosques húmedos tropicales que las rodean. Limoncocha, en especial sus orillas y zonas de pantano, albergan una flora y una fauna muy singulares; adaptadas a vivir de la permanente interacción agua-bosque.
Aquí encontramos una gran diversidad de especies, en especial de aves acuáticas, lo que motivó su declaración como sitio Ramsar, un reconocimiento internacional para humedales de gran importancia.
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