La reserva protege los manglares que crecen en el estuario que forman los ríos Cayapas y Mataje en el norte de la provincia de Esmeraldas; al hacerlo, custodia tanto la gran biodiversidad que existe como las tradiciones milenarias de las comunidades y pueblos ancestrales aledaños, para quienes el manglar es la principal fuente de sustento. Dentro de esta área protegida se han registrado árboles de mangle de hasta 60 metros de altura; considerados los de mayor tamaño en el mundo, sin duda crecen aquí por la abundancia de nutrientes y la existencia de un clima muy estable, pues a lo largo del año se presentan escasas variaciones de temperatura.
Cuando desembocan en el océano Pacifico, los ríos Cayapas y Mataje forman un delta donde se encuentran varias islas, islotes y canales que constituyen la mayor parte de la reserva. El área protegida incluye también una zona de transición hacia ecosistemas de tierra firme, conocida como “guandales”, y finalmente el bosque húmedo tropical tierra adentro.
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