La reserva protege los bosques húmedos y los bosques secos que rodean y cubren la cordillera de Mache Chindul en la Costa ecuatoriana. Los bosques húmedos pertenecen al Chocó, una región muy húmeda que se extiende desde Panamá hasta el noroccidente del Ecuador. Los bosques secos reemplazan a los bosques húmedos hacia el sur, desde los alrededores de Cojimíes y Jama, en el norte de Manabí; cubren la cordillera de Mache Chindul y la franja costanera del sur ecuatoriano y llegan hasta el norte de Perú. La reserva protege la laguna de Cube, una zona que en el 2001 fue declarada como un humedal de importancia internacional, tanto por la biodiversidad que allí se encuentra como por las importantes funciones ecológicas que cumple y los servicios ambientales que brinda a las poblaciones aledañas.
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