En el golfo de Guayaquil confluyen el agua dulce de los ríos que descienden de la cordillera y el agua salina que viene del mar; al juntarse forman el estuario más extenso de la costa pacífica de América del Sur, donde se encuentra también la mayor extensión de manglares del Ecuador.
Dentro de esta región, hacia el sur, se localiza Manglares Churute, la primera área protegida de manglar de la costa continental ecuatoriana.
Además de los manglares, la reserva también protege ecosistemas secos y de neblina que se encuentran en los cerros de la cordillera de Churute.
La reserva es refugio para muchas especies de fauna, algunas de ellas amenazadas, como el canclón, un ave acuática que habita en la laguna del mismo nombre, y el cocodrilo de la costa, que ya ha desaparecido en otras zonas del litoral.
Por la diversidad y gran extensión de ambientes acuáticos que protege la reserva, en el año 1990 fue declarada como sitio Ramsar, un reconocimiento internacional para humedales de gran importancia.
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